一般密教经典大都只是讲仪轨，着重于修持的方法，但《大日经》郤包涵了一套自己完整的理论体系。其〈入真言门住心品〉中所讲「如实知自心」是全经的本体论；「菩提心为因，悲为根，方便为究竟」三句，是它的实践论；而「身语意」三密是它的方法论。一部大日经能贯串了理论、实践与方法，其于密教中被誉为根本的经典，诚然有其重要地位和价值。
「如实知自心」为「本体论」
何谓「如实知自心」？经文中说：「云何菩提？谓如实知自心。秘密主，是阿耨多罗三藐三菩提，乃至彼法少分无有可得……….佛言：自心寻求菩提及一切智。何以故？本性清净故。」这段义理相近于禅宗的「直指人心，见性成佛」。须知禅宗讲明心见性：一切不染，离诸法相(本性清净)是「明心」无有一法可得是「见性」；而本经所指的「如实知自心」及「自心寻求菩提及一切智」即是「明心见性」。
《大日经》认为真实彻底地证知自己的心性，就是觉悟成佛。这就是自觉。若能以「悲为根」，广度一切众生也能自觉，即是自觉觉他。所以佛与众心，其心的本体相同，其异只在觉与不觉。「如实知自心」，即觉，即佛，不能「如实知自心」即众生，即迷。这「如实知自心」的智，即是天台宗所讲的「一切种智」。本经显示空义甚多，与般若经论甚为相应。
本经所讲义理，亦与唯识宗契合。密宗即身成佛，即是一切种智阐发到极致之果。此智是唯识宗所指「大圆镜智」的果位主体。本经所说「如实了知自心」即是以「平等性智」去除我执；所说「自心寻求菩提及一切智」即是以「妙观察智」去除法执。在修行的过程中，本经所教方法，是以以身语意三密加持：手结印契为身密，口诵真言为语密，心观本尊为意密。这即是以「成所作智」(前五识配合意识) 的殊胜功能作用。
《大日经》中处处有唯识宗所讲的「唯识无境」义理。〈入真言门住心品〉说：。「……法无我性。何以故？如彼往昔如是修行者，观察蕴阿赖耶，知自性如幻、阳焰、梦、影、响、旋火轮、乾闼婆城……。」本经认为没有什么东西可以超出人的认识之外，即「唯识无境」。世界上的一切事物和现象都包罗在心之内。
如果把本来清净无分别的心，一分为二：一妄一真，那么妄心就是心的相，心的显现和表象。真心即是经中所讲「本不生」的清净心。＜入真言门住心品＞说：「秘密主，彼如是舍无我，心主自在，觉自心本不生。」据《大日经疏》的解释：一切事物和现象，都是因缘所生法，展转相生，互为缘起。最后的本原是什么呢？就是一切法不生之处，所以「自心本不生」(或曰「无生」) ，就是一切事物和现象的本原。如印度梵文的元音「阿音」，其他音必须凭借此音才能发出声来。此音就是万声之母，譬喻宇宙之原。这「阿音」譬喻为「本不生」。「觉自心本不生」即能「如实知自心」，真实彻底地证悟这真心的体性。
这本不生是「体」，是无为的，非生灭法；一切杂染诸法是「相」，乃有为的，属生灭法。但「体」与「相」是不异的，同出一心故，即《大乘起信论》所讲的一心二门：心真如门，心生灭门。并不是另有一异于体性的心。体性本自清净，所以「净」是这心的体性。「净」是无相的，不能以感官所能认知，所以不是六根，不是六尘，亦非六识。这「净心」的存在同识心的存在是一致的，根本无有分别。这存在是因缘所生法，缘生即生，缘尽则灭，无有自性，而究竟终极之处，即是「不生」之际，「不生」之际就是净心所住之处。
若要「如实知自心」，必须透过言语文字，慨念思维，所以我们要经过对心相的认知，才能了解其本体。这样循步渐进，层层深入，由浅至深，才能「如实知自心」。怎样才能开启这清净心呢？必须要有原因、条件；即是要有实践与方法。经中所说修密者以「菩提心为因，大悲心为根，方便为究竟」，这就是实践；而方法，即是身口意三密相应。从第二品〈入漫荼罗具缘真言品〉至最后的第三十一〈嘱累品〉是本经所遍述的实践和方法。
「因、根、方便」为实践论
在〈入真言门住心品〉中，佛言：「菩提心为因，悲为根，方便为究竟。」这因有内与外两层次：一切众生本来具足与佛同俦的本性，都可以透过修行而觉悟成佛，这是「内因」。「外因」是指众生追求觉悟真理的自信心。内外因皆备就是具足了「菩提心」。
具有了「菩提心」，尚需要有修行的基本条件和过程。这就是以「悲为根」。「悲」于此包涵「慈悲」之义，「慈」能与乐，「悲」能拔苦。修行者除了要有慈悲心之外，还要勇猛精进，不断克服重重障碍，扫淸一切烦恼的尘垢，所以慈悲与精进二者相辅相成，缺一不可。「根」者，基础义，如树之根，能执持枝叶花果，使基础立而不拔，譬喻修行进趣的基础和净心逐渐增长成熟的各种条件。
何谓「方便为究竟」？这是修行的方法论。「方便」即技巧方法，在此特指是「身语意」三密方便，以三密方便究竟成佛，即「身密」的手印，「语密」的真言，「意密」瑜伽观想。「究竟」即终极，结果，指成佛之果。
「身语意三密」为方法论
关身语意三密甚深微妙，可以约为两方面来看。
第一约佛界（理），第二约众生界（相）。约佛界看来，身密是宇宙全体的活动，语密是宇宙所有声音言语的活动，心密是宇宙间一切的精神活动。宇宙森罗万象，不离大日如来，如来即宇宙，如来的三密，坚一旦三世，横遍十方，是永恒。约众生界来看，我们不能如实知自心，必须透过三密的修持才能认知。就是身结手印，口唱真言，意住三摩地，要修到三密相应的境界，才能如实知自心。 而在三密修法上，有「有相」和「无相」两种方法。有相是身结手印，口唱真言，意住三摩地，无相则是达到一擧手一投足皆成密印，门口发声悉是真言，起心动念皆是妙观，从有相修至无相，由众生三密界修至佛界三密。所以，为了使凡夫悟入无相一实的法体，须要透过有相三密的修持，使其归入平等绝对的清净本体
〈入漫荼罗具缘真言品〉说：「佛子，谛听！若族姓子住是戒者，以身语意合为一，不作一切诸法。云何为戒？所谓观察舍于自身，奉献诸佛菩萨。何以故？若舍自身，则为舍彼三事。云何为三？谓身、语、意。」
从凡夫修行至成佛，必须透过不断的戒定慧三无漏学，如果修密者将身语意三业合而为一，以此为戒，即是以密法清净自己的身口意三业。若能彻底舍却了身语意的不净三业，就能脱离了一切烦恼及无明。这即是持无上清净戒。经中阐述修定慧之处颇多，尤其是第二十五品〈三三昧耶品〉与第二十九品〈说无相三昧品〉。
